石湖墟净水设施将分为三区：

1區：行政樓及其他輔助設施

2區：污水處理設施

3區：污泥處理設施

设计重点

1. 覆盖会产生气味的设施，强化气味控制
2. 在净水设施内及周边广植树木
3. 降低建筑物高度，部分设施置于地底下

1区

1区现时设有污泥处理设施及行政楼，改善计划后1区会作为行政楼及其他辅助设施 (包括维修中心、实验室及教育中心等)。行政楼将会对外开放，为公众提供污水处理技术的资讯。建筑及景观设计会加入大量绿化元素，使净水设施更能融入四周。

2区

2区现时设有开放式的污水处理设施。改善计划将覆盖所有污水处理设施，加设气味控制装置。新设计并会采用先进及节省地方的污水处理技术，以增加污水处理量。

3区

3区将划分为污泥处理区域。净水设施将采用密封式设计，有关气体均经处理后才排放。而运送污泥的车辆，也会配置密封式容器，以减低运送途中产生的气味。为减低景观影响，污泥脱水大楼部分设施将置于地底下，及在外观设计上加入大量绿化元素，使净水设施融入四周。