石湖墟淨水設施將分為三區：

1區：行政樓及其他輔助設施

2區：污水處理設施

3區：污泥處理設施

設計重點

1. 覆蓋會產生氣味的設施，強化氣味控制
2. 在淨水設施內及周邊廣植樹木
3. 降低建築物高度，部分設施置於地底下

1區

1區現時設有污泥處理設施及行政樓，改善計劃後1區會作為行政樓及其他輔助設施 (包括維修中心、實驗室及教育中心等)。行政樓將會對外開放，為公眾提供污水處理技術的資訊。建築及景觀設計會加入大量綠化元素，使淨水設施更能融入四周。

2區

2區現時設有開放式的污水處理設施。改善計劃將覆蓋所有污水處理設施，加設氣味控制裝置。新設計並會採用先進及節省地方的污水處理技術，以增加污水處理量。

3區

3區將劃分為污泥處理區域。淨水設施將採用密封式設計，有關氣體均經處理後才排放。而運送污泥的車輛，也會配置密封式容器，以減低運送途中產生的氣味。為減低景觀影響，污泥脫水大樓部分設施將置於地底下，及在外觀設計上加入大量綠化元素，使淨水設施融入四周。